Los orígenes del FCE Perú se remontan al año de 1961, cuando el Fondo empezó a operar como una representación en Lima gracias a la gestión que hiciera la escritora Magda Portal. Los libros del FCE contribuyeron a la formación intelectual de la sociedad peruana. Así mismo, resultaban aún más preciados ya que casi la totalidad de la industria editorial de habla hispana no era competitiva en ese ento
nces. El 28 de setiembre de 1972 se constituyó en Perú el Fondo de Cultura Internacional S.A. con lo que se obtuvo una relación comercial mas ágil dentro del mercado local, propiciando que los libros de nuestra casa editorial comenzaran a aparecer en los escaparates y a difundiese al interior del Perú. La instalación del Fondo en Lima constituyó un acontecimiento para el público lector, y más aún para los estudiantes y maestros, que ahora tenían la oportunidad de contar con libros indispensables para su formación y desempeño. Posteriormente se firmaron Convenios con universidades e instituciones locales para publicar conjuntamente, trabajos de académicos peruanos: Pontificia Universidad Católica del Perú, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Universidad de Lima, Instituto de Altos Estudios Riva Agüero, Academia Diplomática del Perú; entre otros. La dirección postal de las oficinas y La librería Blanca Varela Es Jirón Berlín núm. 238 y la Librería del Fondo Café Galería, inaugurada en el 2014, también está localizada en Miraflores. Esta opera como Centro Cultural pues cuenta con un área de exposiciones, otra para talleres y un escenario integrado a la librería, donde se llevan a cabo presentaciones de libros, talleres, conversatorios, recitales, performances, ciclos de cine, así como diversas actividades escénicas y musicales. Han sido gerentes de la filial del FCE en Lima destacadas personalidades como las poetas Magda Portal y Blanca Varela, a quienes se ha hecho mención. Actualmente, desde mayo de 2015, la directora gerente general es Gabriela Olivo de Alba, mexicana con trayectoria diplomática, editora, narradora, gestora cultural y creadora de performances.