Sejarah Singkat Madrasah Aliyah Negeri Kotabaru
Madrasah Aliyah Negeri Kotabaru berdiri sejak tahun 1994, dulunya ketika masih berstatus swasta namanya adalah Madrasah Aliyah GUPPI. Sejak mulai berdiri sampai sekarang MAN Kotabaru telah mencetak ratusan alumni yang tersebar di sejumlah perguruan tinggi dan yang terserap di dunia kerja. Dan sejak dulu sampai sekarang MAN Kotabaru tetap komitmen de
ngan orientasi imtaq dan iptek nya meski dengan segala keterbatasan kemampuan yang dimiliki. Kini, dengan dukungan dan bantuan dari semua pihak, akhirnya MAN Kotabaru dapat merealisasikan impian yang telah lama diupayakan untuk terwujud yakni penyatuan dua lokasi menjadi satu lokasi yang terpusat di jalan Brigjen H. Keberadaan lokasi belajar mengajar yang terpusat di satu lokasi merupakan momentum & modal berharga untuk menjadikan MAN Kotabaru sebagai center of excellence dunia pendidikan Islam setidaknya untuk lingkup kabupaten Kotabaru & sekitarnya. Madrasah Aliyah Negeri Kotabaru yang sekarang beralamat di Jalan Brigjen.H.Hasan Basri Desa Semayap Kotabaru (dulu beralamat di Jalan Veteran Km.2 Kel.Dirgahayu Kotabaru) didirikan pada tahun 1994, awalnya bernama Madrasah Aliyah GUPPI yang berdiri pada tahun 1986. Setelah beberapa tahun berdiri, lengkap dengan segala perkembangan yang beraneka ragam, Madrasah Aliyah GUPPI ini di Negerikan pada tanggal 25 Oktober 1993 berdasarkan Keputusan Menteri Agama RI Nomor 244 tahun 1993 dan diresmikan oleh Bapak Bupati KDH TK. Adapun nama-nama Kepala Madrasah yang pernah menjabat di Madrasah Aliyah Negeri Kotabaru yaitu : H. Djamhuri, BA (Tahun 1994-2001), Drs. Fakhruddin (Tahun 2001-2003), Makmur, S.Pd (Tahun 2003-2007), H. Abdul Muis, S.Ag (Tahun 2007-2017),
H. Adi Rosadi, S.Ag (Tahun 2017-2020),
Muhammad Yamin, S.Ag MM (2021-Sekarang).